Аутоиммунные заболевания развиваются в результате выработки антител взаимодействующие с антигенами собственного организма. Это может происходить в том случае если в процессе эмбрионального развития организма некоторые вещества были изолированы клеточными барьерами от иммунной системы. При тех или иных нарушениях происходит разрушение этих барьеров и тогда против собственных аутоантигенов вырабатываются аутоантитела.
Соматические мутации в различных органах могут привести к появлению клеток обладающих антигенными свойствами. Чаще всего это завершается удалением их благодаря иммунным реакциям. Мутации затрагивающие Т- и В-лимфоциты также могут приводить к тому что нормальные клеточные компоненты начинают восприниматься как антигены.