В тонком кишечнике существуют 2 взаимосвязанных типа пищеварения – полостное и пристеночное (мембранное). Важнейшим процессом в пищеварительной функции является всасывание. В верхних отделах пищеварительной трубки (рот, пищевод, желудок) всасывание незначительно. В желудке всасывается вода и алкоголь, небольшое количество солей и продуктов расщепления углеводов. Незначительное всасывание происходит в 12-перстной кишке. Основная масса питательных веществ всасывается в тонком кишечнике, с неодинаковой скоростью в различных его участках. Максимум всасывания происходит в верхних участках тонкого кишечника.
Тонкий кишечник выполняет несколько важных функций:
1.перемешивание химуса с секретами поджелудочной железы, печени и слизистой кишечника;
2.переваривание пищи;
3.всасывание гомогенизированного и переваренного материала;
4.дальнейшее продвижение оставшегося материала по ЖКТр;
5.секреция гормонов;
6.иммунологическая защита.
Пищевые массы (химус) из 12-перстной кишки перемещаются в тонкий кишечник, где продолжается переваривание пищеварительными соками, выделившимися в 12-перстную кишку. Вместе с тем, здесь начинает действовать и собственный кишечный сок, вырабатываемый либеркюновыми и бруннеровыми железами слизистой оболочки тонкой кишки. В кишечном соке содержится энтерокиназа, а также полный набор ферментов, расщепляющих белки, жиры и углеводы. Эти ферменты участвуют лишь в пристеночном пищеварении, так как в полость кишки они не выделяются. Полостное пищеварение в тонком кишечнике осуществляется ферментами, поступившими с пищевым химусом. Полостное пищеварение наиболее эффективно для гидролиза крупномолекулярных веществ.

Пристеночное пищеварение (мембранное), открытое акад. А.М.Уголевым, происходит на поверхности микроворсинок тонкой кишки. Оно завершает промежуточный и заключительный этапы пищеварения путем гидролиза промежуточных продуктов расщепления. Микроворсинки представляют собой цилиндрические выросты кишечного эпителия высотой 1-2 мкм. Количество их огромно – от 50 до 200 млн. на 1 кв. мм поверхности кишки, что увеличивает всасывательную поверхность тонкого кишечника в 14-30 раз. Обширная поверхность микроворсинок улучшает и процессы всасывания. Продукты промежуточного гидролиза попадают в зону так называемой щеточной каймы, образованной микроворсинками, где происходит заключительная стадия гидролиза и переход к всасыванию основными ферментами, участвующими в пристеночном пищеварении, являются амилаза, липаза и протеазы. Благодаря этому пищеварению происходит расщепление 80-90% пептидных и гликолизных связей и 55-60% - триглицеридов (см рис 1).

Поперечное сечение двух ворсинок тонкого кишечника  и крипты между ними, видны несколько типов клеток  слизистой структуры, находящиеся внутри ворсинки.

Рис. 1. Поперечное сечение двух ворсинок тонкого кишечника и крипты между ними, видны несколько типов клеток слизистой структуры, находящиеся внутри ворсинки.

Пристеночное пищеварение находится в тесном взаимодействии с полостным. Полостное пищеварение подготавливает исходные пищевые субстраты для пристеночного пищеварения, а последнее уменьшает объем обрабатываемого химуса в полостном пищеварении за счет перехода продуктов частичного гидролиза в щеточную кайму. Эти процессы способствуют наиболее полному перевариванию всех компонентов пищи и подготавливают их к всасыванию.
Моторная деятельность тонкого кишечника обеспечивает перемешивание химуса с пищеварительными соками и продвижение его по кишке благодаря сокращению круговой и продольной мускулатуры. При сокращении продольных волокон гладкой мускулатуры кишечника происходит укорочение участка кишки, при расслаблении – его удлинение. Продолжительность периодов сокращения и расслабления участков кишки при маятникообразных движениях составляет 4-6 с. Такая периодичность обусловлена автоматией гладкой мускулатуры кишечника – способностью мышц периодически сокращаться и расслабляться без внешних воздействий. Сокращения круговой мускулатуры кишечника вызывает перистальтические движения, которые способствуют передвижению пищи вперед. По длине кишки одновременно движется несколько перистальтических волн.
Сокращения продольных и круговых мышц регулируется блуждающим и симпатическим нервами. Блуждающий нерв стимулирует моторную функцию кишечника. По симпатическому нерву передаются тормозные сигналы, которые снижают тонус мышц и угнетают механические движения кишечника. На моторную функцию кишечника оказывает влияние и гуморальные факторы: серотонин, холин и энтерокинин стимулируют движение кишечника.